Wydział Historyczny Uniwersytetu Jagiellońskiego w obecnym kształcie rozpoczął działalność w roku 1992, kiedy to dokonano podziału Wydziału Filozoficzno-Historycznego na dwie odrębne jednostki. Tworzą go mające długą historię Instytuty Archeologii, Etnologii i Antropologii Kultury, Historii, Historii Sztuki, Muzykologii oraz Katedra Judaistyki. Uniwersytet Jagielloński może się poszczycić bogatą tradycją badań i wykładów w zakresie dyscyplin naukowych skupionych na Wydziale Historycznym. Już w drugiej połowie XV stulecia w Akademii Krakowskiej studiowano i komentowano Kronikę Mistrza Wincentego Kadłubka. W roku 1519 ukazała się Chronica Polonorum Macieja z Miechowa - profesora Akademii Krakowskiej. Od XIX wieku w Uniwersytecie Jagiellońskim prowadzone były regularne studia w zakresie historii, historii sztuki i archeologii. Odbywały się one wówczas w Katedrach wchodzących w skład Wydziału Filozoficznego. W roku 1946 nastąpiły zmiany w strukturze organizacyjnej Uniwersytetu, w wyniku których Wydział Filozoficzny podzielono na dwa Wydziały - Humanistyczny i Matematyczno-Przyrodniczy. Kolejna restrukturyzacja nastąpiła w roku 1952 gdy to z jednostek (zakładów, katedr i seminariów) składających się na Wydział Humanistyczny utworzono trzy nowe Wydziały tj. Filozoficzno-Społeczny, Historyczny i Filologiczny. Stan taki trwał niespełna dwa lata, i w roku 1953 połączono Wydziały Historyczny i Filozoficzno-Społeczny w jeden Wydział Filozoficzno-Historyczny.

Wydział Historyczny Uniwersytetu Jagiellońskiego zatrudnia obecnie (stan na dzień 1 X 2005) 46 profesorów, 3 docentów oraz 100 adiunktów i asystentów. Na Wydziale kształci się również 206 doktorantów. W poszczególnych jednostkach Wydziału prowadzone są studia magisterskie i licencjackie w następujących kierunkach: Archeologia (specjalności: Archeologia Polski i powszechna, Archeologia śródziemnomorska), Etnologia, Historia (specjalności: Nauczycielska, Archiwistyczna, Edytorstwo naukowe, Judaistyka, Historia i kultura Żydów), Historia sztuki, Historia sztuki - specjalność Muzykologia, Kulturoznawstwo (specjalności: Cywilizacje starożytne świata, Mediteraneistyka, Dzieje i kultura Bałkanów). W roku akademickim 2005/2006 w Instytutach i Katedrach Wydziału Historycznego Uniwersytetu Jagiellońskiego studiuje blisko 2900 studentów.

Wydział Historyczny UJ posiada w swoim gronie zespół pracowników o wysokich kwalifikacjach merytorycznych. Pozwala to na prowadzenie zakrojonych na szeroką skalę zespołowych prac badawczych oraz studiów o węższym zakresie nad specyficznymi problemami, które nie są przedmiotem zainteresowań innych polskich ośrodków naukowych.

Wśród prac badawczych realizowanych przez Instytut Archeologii we współpracy z 39 instytucjami zagranicznymi z 18 krajów Europy, Azji i Ameryki znalazły się węzłowe problemy z zakresu archeologii i pradziejów Starego Świata, zwłaszcza w zakresie badań nad paleolitem, procesami neolityzacji; badania nad problematyką ludów koczowniczych w epoce brązu i wczesnej epoce żelaza, a także napływem importów rzymskich na tereny europejskiego Barbaricum.
W Instytucie Etnologii i Antropologii Kultury badania koncentrują się m.in. wokół problemów antropologii miasta, folkloru współczesnego, historii idei oraz opracowywana jest informatyczna baza danych o etnograficznych źródłach archiwalnych. Realizowane są dwa międzynarodowe granty badawcze we współpracy m.in. z uniwersytetami w Pradze i Bukareszcie oraz Centrum Antropologii Wizualnej w Sibiu.
W Instytucie Historii badania naukowe obejmują bardzo szeroki przedział chronologiczny od starożytności aż po czasy najnowsze w 40 grupach tematycznych, z uwzględnieniem dziejów Polski oraz historii powszechnej. Pracownicy aktywnie uczestniczą w realizacji 22 grantów krajowych oraz 8 zagranicznych.

W Instytucie Historii Sztuki badania naukowe skupiają się wokół 15 głównych problemów z historii sztuki od średniowiecza aż po malarstwo awangardowe po 1945 r. Do ważnych osiągnięć należy zaliczyć rezultaty badań nad korpusem witraży średniowiecznych, sztuką sakralną na ziemiach polskich oraz wydanie drukiem kolejnych tomów z inwentaryzacji zabytków na Ukrainie.
W Instytucie Muzykologii badania obejmują muzykę renesansu i baroku, zwłaszcza polską i włoską, muzykę XIX i XX wieku, ze szczególnym uwzględnieniem twórczości F. Chopina, H. Wieniawskiego, I. Paderewskiego, I. Strawińskiego i W. Lutosławskiego.

W Katedrze Judaistyki realizowane są badania w 6 grupach tematycznych, m.in. w zakresie dziedzictwa kulturowego Żydów polskich na terenie Krakowa i Małopolski, żydowską diasporą w Europie, dziejami i kulturą Żydów w okresie Drugiej Świątyni oraz bibliografią bieżącą judaików polskich.
Ponadto do bardzo ważnych osiągnięć pracowników Wydziału Historycznego należy zaliczyć:

1. “Wielką Historię Polski” - wyd. Fogra, t.1-10 opracowaną przez profesorów Instytutu Historii oraz Instytutu Archeologii.

2. Nowatorskie opracowanie podręcznika akademickiego przez prof. A. Chwalbę, Historia Polski 1795-1918, w serii podręcznikowej Wydawnictwa Literackiego oraz przez prof. S. Szczura w tej serii “Dzieje Polski - Średniowiecze”.

3. “Encyklopedię Historyczną Świata”, wyd. “Opres”, t.1-9, w opracowaniu pracowników Instytutów Historii i Archeologii, która popularyzuje historię powszechną wśród szerokich kręgów odbiorców, z zachowaniem wysokich wymogów warsztatu naukowego.

4. Odkrycie na Ukrainie przez pracowników Instytutu Archeologii scytyjskiego “książęcego” zespołu grobowego w Ryżanowce.

5. Biorąc pod uwagę zapotrzebowanie społeczne uruchomiono na Wydziale następujące studia: Podyplomowe Studium Muzeologiczne, Podyplomowe Kwalifikacyjne Studia dla Nauczycieli w Instytucie Historii oraz stacjonarne studia licencjackie w zakresie mediteranistyki i bałkanistyki.

6. Programy studiów w zakresie archeologii, etnologii, historii, historii sztuki i muzykologii posiadają akredytację nadaną przez Uniwersytecką Komisję Akredytacyjną.