Wydział Historyczny Uniwersytetu Jagiellońskiego w obecnym kształcie rozpoczął działalność w roku 1992, kiedy to dokonano podziału Wydziału Filozoficzno-Historycznego na dwie odrębne jednostki. Tworzą go mające długą historię Instytuty Archeologii, Etnologii i Antropologii Kultury, Historii, Historii Sztuki, Muzykologii oraz Katedra Judaistyki. Uniwersytet Jagielloński może się poszczycić bogatą tradycją badań i wykładów w zakresie dyscyplin naukowych skupionych na Wydziale Historycznym. Już w drugiej połowie XV stulecia w Akademii Krakowskiej studiowano i komentowano Kronikę Mistrza Wincentego Kadłubka. W roku 1519 ukazała się Chronica Polonorum Macieja z Miechowa - profesora Akademii Krakowskiej. Od XIX wieku w Uniwersytecie Jagiellońskim prowadzone były regularne studia w zakresie historii, historii sztuki i archeologii. Odbywały się one wówczas w Katedrach wchodzących w skład Wydziału Filozoficznego. W roku 1946 nastąpiły zmiany w strukturze organizacyjnej Uniwersytetu, w wyniku których Wydział Filozoficzny podzielono na dwa Wydziały - Humanistyczny i Matematyczno-Przyrodniczy. Kolejna restrukturyzacja nastąpiła w roku 1952 gdy to z jednostek (zakładów, katedr i seminariów) składających się na Wydział Humanistyczny utworzono trzy nowe Wydziały tj. Filozoficzno-Społeczny, Historyczny i Filologiczny. Stan taki trwał niespełna dwa lata, i w roku 1953 połączono Wydziały Historyczny i Filozoficzno-Społeczny w jeden Wydział Filozoficzno-Historyczny.