Początków nauczania historii w Uniwersytecie Jagiellońskim doszukujemy się już w pierwszej połowie XV wieku, a więc w niecałe 100 lat po ufundowaniu "Studium Generale" przez króla, Kazimierza Wielkiego, i w kilkanaście lat po odnowieniu Uniwersytetu przez Władysława Jagiełłę, zgodnie z wolą zmarłej królowej św. Jadwigi. To właśnie wówczas Jan Dąbrówka wprowadził historię do programu nauczania na Wydziale Artium. Przez kolejne stulecia zainteresowanie historią widoczne było w wykładach wielu wybitnych profesorów Uniwersytetu. Już w XV wieku do wykładów włączono "Polską Kronikę" Wincentego Kadłubka, w 1745 roku nauczano heraldyki i chronologii. W reformie przeprowadzonej przez Hugona Kołłątaja w 1776 roku historia wraz z geografią znalazły się na wydziale, który został nazwany Akademia Nauk Pięknych. Pierwszą katedrę historii w Uniwersytecie na Wydziale Filozoficznym utworzyli Austriacy na początku XIX stulecia. W 1809 roku powstała Katedra Historii Świata i Geografii, a rozwój organizacyjny i naukowy i przypadł na lata 60. XIX wieku. Najpierw, w 1860 roku Austriacy utworzyli katedrę, której głównym zadaniem miało być nauczanie historii Austrii. W następnym roku powstało Seminarium Historyczne, a bujny rozwój nauki zaczął się wraz z powołaniem w 1869 roku katedry historii Polski, którą kierował Józef Szujski. To właśnie on, wraz z takimi wybitnymi historykami jak Michał Bobrzyński, Stanisław Smolka, Stanisław Krzyżanowski stworzyli całkowicie nowe, krytyczne ujęcie naszych dziejów narodowych. Dzięki nim oraz, nie mniej wybitnym, ich następcom, zarówno w okresie międzywojennym jak i po II wojnie światowej, poziom nauczania historii w naszym Uniwersytecie należał do najwyższych w Polsce.

Poczynając od roku akademickiego 1945/46 historię wykładano w ramach Wydziału Humanistycznego. W roku 1952 utworzono Wydział Historyczny ale przetrwał on tylko do jesieni następnego roku, kiedy to włączony został do nowoutworzonego Wydziału Filozoficzno-Historycznego. Ten z kolei, w 1992 roku uległ podziałowi na Wydział Historyczny i Wydział Filozoficzny. Pierwszym dziekanem tak powstałego fakultetu historycznego został Maciej Salamon.

24 kwietnia 1970 roku, w ramach reformy organizacyjnej Uniwersytetu Jagiellońskiego, powołano na Wydziale Filozoficzno-Historycznym Instytut Historii. Pierwszym jego dyrektorem został Józef Gierowski, zaś kolejnymi Antoni Podraza, Józef Buszko, Michał Pułaski, Mariusz Markiewicz, Wojciech Rojek i Piotr Franaszek. W ramach Instytutu tworzono zakłady i pracownie. Integralną częścią Instytutu Historii jest biblioteka, powstała już w 1873 roku. Instytut Historii jest największą jednostką organizacyjną Wydziału Historycznego i zalicza się do największych instytutów w skali Uniwersytetu Jagiellońskiego.
Instytut Historii współpracuje z około 30 ośrodkami naukowymi na całym świecie. Każdego roku realizuje się w Instytucie kilkadziesiąt tematów badawczych wspólnie z ośrodkami zagranicznymi. Nasi pracownicy są czynnymi uczestnikami najważniejszych konferencji naukowych odbywających się w kraju oraz konferencji międzynarodowych.

Instytut Historii UJ, uchwałą Rady Wydziału w roku akademickim 1992/93, jako jeden z pierwszych w kraju wprowadził punktowy system zaliczania roku, zastąpiony w roku akademickim 1999/2000 system punktów ECTS. Absolwenci naszego Instytutu uzyskują w trakcie studiów gruntowną i wszechstronną wiedzę. Są przygotowani do pracy w placówkach badawczych, archiwach, szkołach i wydawnictwach, otrzymując jednocześnie ogólne wykształcenie humanistyczne. I z pewnością dlatego też wielu spośród nich można spotkać wśród czołowych działaczy politycznych, państwowych i samorządowych.

Odrestaurowana Aula im. Ks. Józefa Tischnera

Instytut Historii mieści się w "Collegium Witkowskiego", przy ulicy Gołębiej 13, którego budowę zakończono w 1911 roku. Od roku 1998 prowadzony jest generalny remont budynku. Dotychczas dokonano adaptacji poddasza, gdzie znajdują się gabinety, sale seminaryjne i pracownia komputerowa, odrestaurowano amfiteatralną salę wykładową im. księdza Józefa Tischnera oraz zainstalowano windę dostosowano do przewozu osób niepełnosprawnych. Aktualnie trwa remont kolejnych kondygnacji budynku.

Adaptacja poddasza w Instytucie Historii